首先，信息孤岛多方不协调，传统的数据共享解决方案需要各个医疗/科研机构将各自数据集中汇聚到统一的数据中心，但数据的主导权、管理权、运营权、使用权、共享权等，会带来较多的争议与不满，导致推动有较大阻碍。
其次，数据共享缺乏隐私保护。数据共享不可避免会产生医疗机构有数据泄露、数据共享后难以管控的风险，如何在充分保障数据安全的前提下，实现数据共享是一个必须尽快解决的难题。
再次，数据共享与流通难确权，数据在共享及流通过程中很容易被复制。如果不能对数据确权，明确数据的产生者、使用者、管理者及受益者，将无法很好实现数据的精准授权，严重阻碍数据的共享及流通。
最后，数据共享缺乏分配机制。传统的数据集中方式很难量化每个单位、团队、个人的实际数据贡献的大小，因此没有很好的共享激励机制。参与方无论共享的数据是多是少，数据质量是好是坏，获得的收益是一样的。如果没有合理的激励机制，每个参与方对自己的数据都会倾向于除了要求的数据，其他尽可能少共享或干脆不共享。
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